La Escuela de Comando y Estado Mayor Naval, creada el 25 de marzo de 1970, con el nombre de Escuela de Estado Mayor Naval “Dr. Ladislao Cabrera Vargas”, celebra su aniversario cada 23 de mayo en homenaje al nacimiento del organizador de la defensa del Litoral Boliviano. Fueron muchas las denominaciones que recibió el Instituto en el transcurso del tiempo. El año 1974 cambió su denominativo por el de Escuela de Comando y Estado Mayor Naval con el cual funcionó durante un año. Un año más tarde adquiere el nombre de Centro de Estudios Navales, dos años después en 1977, cambia nuevamente de nombre por el de Comando de Institutos Navales, el 5 de enero de 1980 mediante Orden del Día de la FNB N° 01/80 recibió el nombre de Escuela de Guerra Naval “Dr. Ladislao Cabrera Vargas”, la estructura organizacional, fue puesta en vigencia por Resolución del Comando General de la FNB. No. 01/2000, con los siguientes cursos; Comando y Estado Mayor Naval, Aplicación Naval, Capacitación de Suboficiales, Perfeccionamiento Naval y Curso Básico a Distancia; en estas diferentes Escuelas se realiza la capacitación y especialización del personal de señores Oficiales Superiores, Oficiales Subalternos, Suboficiales y Sargentos de la Armada. En el año 2011 mediante Resolución No. 044/11 del 28 de Junio de esa gestión, cambia de nombre al de Instituto de Postgrado de la Armada Boliviana; finalmente en el año 2012 mediante Resolución Nº 088/12 del 6 de septiembre de 2012, cambio de estructura y nombre al de Escuela de Comando y Estado Mayor Naval.
Su actual estructura organizacional contempla las siguientes Unidades Académicas:
• Curso de Comando y Estado Mayor Naval
• Curso de Aplicación Naval
• Curso Básico a Distancia.
• Escuela de Postgrado de la Armada